バグ？

ラストミッションで敵エースが出て来た瞬間戦闘に勝利

オンラインモードでクリアしたミッションにクリア表記がされない †

Xbox360&PS3版で確認。何度かクリアしたら改善された。
追記：クリエイトマッチからの攻略はクリア表記されず、クイックマッチからの攻略はクリア表記される。

エリアの角でフリーズ †

突進系のSPで敵エースをエリアの角に押し込むと敵エースが消滅して画面が固まってしまうことがある。音声だけは通常通り流れる。
この状態になったら途中セーブしてタイトルに戻る→再開で脱出できる。

敵エースが撃破出来ない †

ごくまれに、敵エース撃破モーション（撃破時にスローになる）が出たにもかかわらず、敵エースが生きてることがある。（扱いは変わらないので、追撃すれば倒せる。なお、撃破すると敵エース撃破モーションが出ないで、撃破のセリフが流れるのみ）

敵ＭＳの残骸が爆発しない †

敵エース、一般ＭＳにかかわらず起こる。敵の残骸が浮いてたり、床にはまっていることがある。なお、一撃でも攻撃を当てれば直り、爆破する。(ガンダム試作一号機フルバーニアンのＣ３を既に撃墜している敵に当てると起きやすい？）

テキストの誤字 †

チャレンジミッション「試練はさらに過去からやってくる３」で、敵機がジュドー、ヒイロ、ルーとなっているが、実際にはヒイロではなくシロッコが出てくる。また、同ミッションの説明文の方ではちゃんとシロッコと表記されている。

ハマーンの「口を挟まないでもらおう」というセリフがテキストでは「口は挟まないでもらおう」と表示されている。おそらくハマーンが実際に喋っているセリフの方が正しいと思われる。

プルツーの「あたしの強さを思い知っただろうさ！」というセリフがテキストでは「あたしの強さ思い知っただろうさ！」と表示されている。これもプルツーが実際に喋っているセリフの方が正しいのか？

ダウンロードしたスサノオに特殊武装が付加されない †

ミッションを途中で中断した状態でスサノオをダウンロードすると、本来スサノオに付加されるはずの特殊武装が付加されないという不具合が報告されている。

スサノオをダウンロードする時は、必ず現在進めているミッションを終わらせてからダウンロードする事！！

なお、バージョン1.02にアップデートを行うことで修正される模様。

武者ガンダム、武者ガンダムMk-IIに特殊武装が付加されない †

武者ガンダムと武者ガンダムMk-IIをダウンロードする前にオンラインの階級が大将になると、本来２機に付加されるはずの特殊武装が付加されないという不具合が報告されている。

武者ガンダムと武者ガンダムMk-IIをダウンロードする時は、必ず大将に昇格する前にダウンロードしておく事！！

ドモンのヒストリーミッションで東方不敗の音声が途切れる †

ヒストリーミッション『デビル包囲網を突破せよ！』において、総大将の東方不敗を撃破した際に喋る『奴は……ワシを越えるつもりかっ……！』というセリフの音声が、何故か『奴は……ワシを』までしか流れない

ﾊﾟｰﾄﾅｰとｵﾍﾟﾚｰﾀｰを同じｷｬﾗにする †

ﾊﾟｰﾄﾅｰをｷｬﾗA、ｵﾍﾟﾚｰﾀｰをｷｬﾗBにしてﾊﾟｰﾄﾅｰ不可のﾐｯｼｮﾝを選択、ﾌﾞﾘｰﾌｨﾝｸﾞ画面で不可になったｷｬﾗAをｵﾍﾟﾚｰﾀｰに設定してﾐｯｼｮﾝｸﾘｱ。すると、ﾊﾟｰﾄﾅｰとｵﾍﾟﾚｰﾀｰを同じｷｬﾗ（ｷｬﾗA）に出来る。ただし、そのままﾐｯｼｮﾝには入れない。（ﾐｯｼｮﾝ選択するとﾊﾟｰﾄﾅｰがいなくなる）出撃ｷｬﾗ選択後の画面でのみ閲覧可能。
■追記：リレーションミッションで私にできること（ファの共感５格上げミッション）で予めパートナーをファ（オペレーターは誰でもOK）にすると、パートナーとオペレーターを両方ともファにしてステージ開始可能

サラ使用時、アーマーゲージが少ない敵エースと遭遇時のボイスが違う †

サラを使用してプレイした際、アーマーゲージが少ない敵エースと遭遇時
｢もらった！｣というセリフを言うが、その時のボイスがロザミア(浅川悠)のC攻撃時に
発するボイスになっている。

「革新のために」のミッションが †

「創意の器」と「動き出す世界」しか表示されない

一部の台詞でなぜか顔グラが無表情になっている †

前作の無双２同様に、ミッション中の一部で顔グラが無表情になることもある。プレイヤーは除く
該当するのはキラ、アスラン、シン、ジュドー、ウッソ、東方不敗、ロラン、ティファ、ラクス、ルナマリア、プル、プルツー、ルー、ヤザン、シロッコ、カテジナ、フロンタルである。