シアターの追加 
七姉妹学園クリア後にエリアマップに追加。
クエストが受けられる。クエストは独立した話で時系列は不明。
最初は2つのクエストしかないが、クエストをクリアしていくと増える。
時間制限イベントについて 
制限時間は大幅に減少されたが(野外音楽堂が3分、空の科学館が10分)、
ダンジョンの移動時にしかタイムカウントが起きなくなった。
戦闘時・部屋の探索時・メニュー画面を開くなどの間は時間は経過しないので落ち着いて行動しよう。
シナリオ上重要な事の変更 
物語に関わる「ある歴史上の人物」が「フューラー」に変更された。
(それに合わせ「その人物」の顔グラフィックも、サングラスを掛けたものに描きかえられている)
また、「ラスト・バタリオン襲来」のムービー・シバルバー5Fの転送機・天の川下りの時のUボート・ラストボス前座のバトルの背景でも「彼が率いていた組織」を思わせる物が描きかえられている。
スキル 
ノヴァサイザーの属性が核熱+光から万能+光に変更。理由は不明。
合体魔法のパーツとして組み込めるので、アポロの使い勝手は向上している。
変異 
合体スキルで敵を倒した際に、一定確率で「変異」が発生しペルソナがパワーアップする。
PS版では合体魔法参加者全員が同時に変異する可能性があったが、PSP版では参加者のうち誰か一人だけしか変異できないようになっている。
(「ペルソナ2罰」と同じ仕様)
ペルソナストック 
専用ペルソナが貰えるイベントの度に最大ストック数が拡張される。
このためペルソナ入れ替えでイベントの流れが途切れることがなくなった。