ペルソナは合体スキルで最後の敵にとどめを刺した時、突然変異を起こすことがある。
変異能力を身に付けた場合、変異専用のアルカナ以外にも同アルカナの1ランク上のペルソナに変異する事もある(ただしイベントで手に入れる初期・改・専用ペルソナには変異しない)。 それにより通常ゲーム中一枚しか手に入らないマテリアルが必要なペルソナも、ペルソナ変異という形で何度でも召喚できる(しかしスキルカードでのスキル習得などがないため汎用性が低くなるという欠点も)。 ただし変異する可能性は低め(そのペルソナが変異する可能性のある変異専用ペルソナを所持していると可能性は上がる)。
変異によりアルカナまで変化する特殊な例。 この変異でルシファーに変異した場合、通常召喚できるLVである94を待たずして使えるというのが最大のメリット。